上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院(以下简称“九院”)，2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院(以下简称“九院”)。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院(前身宝钢医院，属三级综合性医院)资源整合，南北院区，统一布局，统一管理，上海第三人民医院冠名为“上海交通大学医学院附属第九人民医院(北院)”，第二冠名为“上海交通大学医学院附属第三人民医院”。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。
九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性综合性医院。医院南部院区地处上海市中心城区黄浦区(制造局路639号)，北部院区地处上海北翼宝淞地区(漠河路280号)。同时，在本市浦东新区由由地区设有九院浦东分院(严镇路166号)、和高科口腔医疗美容门诊部(严桥路350号)，徐汇区设有虹梅口腔医疗美容门诊部(虹梅路3310号)、静安区设有大沽口腔医疗美容门诊部(大沽路388号)。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，也是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。
九院总占地面积109亩(南部61亩、北部48亩)，总建筑面积21.2万平方米(南部14.7万平方米、北部6.5万平方米)。总核定床位数1800张(南部1000张、北部800张)，实际开放床位1819张(南部1019张、北部800张)。口腔综合椅位326张，临床科室61个，医技科室10个。全院职工4592人。九院现拥有4位工程院院士：整复外科医生张涤生、口腔颌面外科医生邱蔚六、骨科医生戴尅戎、口腔颌面头颈肿瘤医生张志愿，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内的综合性医院。复旦大学医院管理研究所医院声誉排行榜连续七年排名国内前25名内，整复外科国内，口腔医学排名国内第三，骨科、眼科提名。
“十二五”以来九院学科建设水平不断发展。医院现拥有3个上海市临床医学中心(口腔临床、整复外科、关节外科)和2个上海市临床医疗质量控制中心(口腔医学、医学美容)。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学(骨科)现为国内重点学科，心血管内科为国内重点学科组员单位(牵头单位瑞金医院);口腔基础医学现为国内重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜科、耳鼻咽喉-头颈外科为国内临床重点专科。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部“十二五”“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国内中医药管理局重点专科。血管外科为国内批外周血管介入诊疗培训基地和上海交通大学医学院血管病诊治中心。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科(优势学科)，口腔修复生物材料学为上海市重点学科(特色学科)，口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科。修复重建外科入选上海市“重中之重”临床医学中心，眼科为上海市“重中之重”临床重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。神经内科为上海市脑卒中预防与救治中心单位，普外科为上海交通大学医学院疝与腹壁外科疾病诊治中心。
九院目前还是英国爱丁堡外科学院头颈与肿瘤培训中心单位、口腔颌面外科医师协会(IAOMS)口腔肿瘤外科与修复重建培训中心单位和口腔颌面外科内固定学会(AOCMF)颅颌面分会培训中心单位。
（数据统计截止2017年3月1日）
